Τα Όργανα Διοίκησης του Π.Μ.Σ. σε επίπεδο Τμήματος είναι:
1. Η Συνέλευση του Τμήματος.
Η Συνέλευση του Τμήματος απαρτίζεται από τον Πρόεδρο και τον Αναπληρωτή Πρόεδρο του Τμήματος, τα μέλη ΔΕΠ της Συνέλευσης του Τμήματος, τους εκπροσώπους των φοιτητών σε ποσοστό 15% του συνόλου των μελών της Συνέλευσης, κατ’ ελάχιστον ένας (1) εκπρόσωπος των προπτυχιακών και ένας (1) των μεταπτυχιακών φοιτητών και των υποψήφιων διδακτόρων (όπου υπάρχουν) και τρεις (3) εκπροσώπους, έναν (1) ανά κατηγορία από τα μέλη Ε.Ε.Π., Ε.ΔΙ.Π. και Ε.Τ.Ε.Π. του Τμήματος.
2. Η Συντονιστική Επιτροπή (Σ.Ε.) του Τμήματος, η οποία απαρτίζεται από μέλη ΔΕΠ του Τμήματος τα οποία έχουν αναλάβει μεταπτυχιακό έργο.
Τα μέλη της Σ.Ε. του Π.Μ.Σ. είναι:
- Ιωαννίδης Γεώργιος, Καθηγητής
- Μορώνης Αντώνιος, Καθηγητής
- Ψωμόπουλος Κωνσταντίνος, Καθηγητής
- Καμινάρης Σταύρος, Αναπληρωτής Καθηγητής
- Μανουσάκης Νικόλαος, Επίκουρος Καθηγητής
3. Ο Διευθυντής και ο Αναπληρωτής Διευθυντής του Π.Μ.Σ, οι οποίοι ορίζονται με απόφαση της Συνέλευσης του Τμήματος.
Ο Διευθυντής του Π.Μ.Σ. είναι:
- Ιωαννίδης Γεώργιος, Καθηγητής
Ο Αναπληρωτής Διευθυντής του Π.Μ.Σ. είναι:
- Καμινάρης Σταύρος, Αναπληρωτής καθηγητής